Radni deo Sabora započeo je jednoipočasovnim obraćanjem predsedavajućeg, patrijarha Vartolomeja, a zatim i govorima ostalih deset poglavara crkava. Vaseljenski patrijarh osvrnuo se na činjenicu da Saboru ne prisustvuju Antiohijska patrijaršija, ruska, gruzijska i bugarska crkva. Ipak, on ne sumnja da će održavanje Sabora biti veliki događaj u istoriji crkve i veruje da će njegove odluke prihvatiti ceo pravoslavni svet. U ime srpskog naroda i Srpske pravoslavne crkve arhijereje je pozdravio patrijarh srpski Irinej.
– Voleli bismo da su sve pravoslavne slovenske crkve prisutne, ali oni imaju neke razloge, kao i druge crkve koje smo čuli da nisu prisutne na Saboru. Nadamo se da su ti razlozi neveliki, i da će vrlo brzo taj oblačak iščeznuti pred svetlošću sunca – rekao je patrijarh Irinej. Četiri odsutne pravoslavne crkve još jednom su juče pozvane da se pridruže zasedanju. Na prvoj konferenciji za novinare, a one će biti redovne i održavaće se svakog dana tokom zasedanja Sabora, arhiepiskop Jov rekao je da ovo zasedanje nije kopija vaseljenskih sabora prošlosti, već obraćanje ljudima 21. veka. On je naveo da je radost zajedničkog okupljanja u senci odluka četiri crkve da ne dođu na zasedanje. – Ne razumemo njihovo odsustvo, ono nema veze sa dokumentima pripremanim za Sabor jer su njih potpisali predstavnici odsutnih crkava. Radi se o nekim drugim problemima, ali za to treba da pitate njih – rekao je arhiepiskop Jov koji je oko pola sata odgovarao na brojna pitanja novinara. A većinu predstavnika medija interesovalo je upravo odsustvo Antiohijske patrijaršije, ruske, bugarske i gruzijske crkve. Između ostalog, novinari iz Rusije skrenuli su pažnju da na Saboru nisu prisutne crkve koje predstavljaju oko 110 miliona pravoslavnih vernika i insistirali da portparol Sabora objasni da li je ovo Vaseljenski, Svepravoslavni sabor ili pripremna sednica, sastanak, kako ga je pre nekoliko dana nazvao patrijarh moskovski i sve Rusije Kiril. – Zvanični naziv je Sveti i veliki sabor i tako se zove na osnovu odluke koja je doneta svepravoslavnim koncenzusom. Svih 14 crkava bez izuzetka su učestvovale u pripremama do poslednjeg trenutka i sve, bez izuzetka, su poslale liste delegata i rezervisale hotele na Kritu. Odluke četiri crkve da ne dođu na zasedanje donete su u poslednjem trenutku i prošlog petka one su ponovo pozvane da prisustvuju. Dve od njih su odgovorile, dve nisu poslale nikakav odgovor – rekao je arhiepiskop Jov. On nije naveo koje su crkve odgovorile na poziv deset patrijaraha upućen sa Krita, ali kako saznajemo, reč je o ruskoj crkvi i Antiohijskoj patrijaršiji, koje su ostale pri svom stavu da ne učestvuju u zasedanju. Arhiepiskop Jov podsetio je i da ovo nije prvi sabor u istoriji pravoslavne crkve kojem ne prisustvuju svi patrijarsi. Otvaranje radnog dela Sabora pokazalo je i da je usvojena jedna od primedbi crkava koje nisu prisutne. Promenjen je raspored sedenja. Poglavari pravoslavnih crkava ne sede u dva reda levo i desno od vaseljenskog patrijarha koji je na čelu, već su stolovi i stolice poređani polukružno. U prvom polukružnom redu sede patrijarsi, vaseljenski je u sredini, a u drugom delegati, arhijereji koje su oni izabrali kao svoje direktne savetnike. Poglavar SPC imenovao je mitropolita crnogorsko-primorskog Amfilohija i vladiku bačkog Irineja, koji je juče prevodio patrijarhov pozdravni govor sa srpskog na grčki jezik.